Как и прошлые игры в серии, Patapon 3 предлагает поиграть в командира: посылать на разведку, отправлять в бой, приказывать отступать и обороняться кучке чёрных глазок на ножках. Что, подобное есть в каждой стратегии? Да, вы правы. Но только в серии Patapon команды солдатам отдаются с помощью музыки.
Каждая команда — мелодия из четырёх нот, закреплённых на одной из кнопок джойстика. Такая простая идея сожительствует со второй, не менее простой. Патапоны сперва слушают приказ, а уже затем его выполняют. Поэтому решать, что делать, приходится наперёд.
В третьей части разработчики оставили всю базу, но слегка поменяли правила. Отныне в бою мы управляем не армией патапонов, а всего лишь отрядом из пяти глазок: героя, знаменосца, мечника, копейщика и лучника. Такой расклад превращает игру из небольшой стратегии в ролевую игру. Здесь даже древо навыков есть, причём у каждого солдатика своё.
С каждой новой ступенью патапон лишается одних качеств, но взамен получает другие. Скажем, однажды копейщику достанется щит, который поможет солдатику обороняться, но бить также сильно, как и раньше, глазок не сможет — силы будут не те. Поэтому собирать отряд перед битвой — дело важнейшее.
Однако не всё так радужно, как думается. Patapon 3 стала меньше уделять внимания новичкам. В игре хватает важных мелочей, о которых забывают рассказать. Например, о силе ветра и скорости полёта стрелы. Раньше серия себе такого не позволяла.