The Messenger — это одиночная игра, в которой нет многопользовательского режима или кооператива. Сюжет игры The Messenger начинается в ниндзя-деревне, которую атакует демоническое существо. Главный герой, молодой ниндзя, получает задачу доставить священный свиток на вершину горы. От этого зависит судьба клана.
Игра представляет собой комбинацию линейных уровней и открытого мира. Основная цель — преодолевать препятствия, сражаться с врагами и разгадывать головоломки. Последние представлены различными ловушками и загадками.