Prototype – это обезбашенный мясной экшен, в котором Вы, играя за мутированного парня по имени «Алекс Мерсер» уничтожаете всех и вся, чтобы узнать – кто Вы, и почему Вы стали мутантом. То есть, главный герой еще страдает амнезией. Первоначально события развиваются в морге – там главный герой пробуждается и обнаруживает в себе демонические способности. Но дело в том – что он довольно долго был без сознания, а выйдя на улицу обнаружил – что среди живых остались лишь мутанты и военные, которые с ними борются.
У Алекса Мерсера абсолютно нет друзей, поэтому мутанты и военные к нему враждебно относятся, независимо от его облика. Чтобы выяснить причину апокалипсиса, главному герою предстоит искать людей замешанных в эксперименте над людьми, вселяться в их разум и тело. Сверхъестественные возможности Алекса, позволяют разрывать бронетехнику на части. В любой миг он может превратить свою руку в огромный клинок и разрубить танк пополам.
Манера перемещения главного героя сильно напоминает «Халка», Вы также можете прыгать выше небоскребов, заниматься паркуром, разрушать дома и привлекать к себе внимание военных. По мере прохождения, играть становится сложнее, врагов становится больше, и их экипировка становится более продвинутой.
