В отдалённом будущем учёные обнаружили в мозгу человека псионический гормон, способный наделять носителей экстрасенсорными способностями. Это навеки изменило мир. Но только люди начали входить в новую эпоху, как прямо с небес посыпались безумные мутанты, жаждущие полакомиться мозгами. Практически неуязвимые для привычных боевых методов, они заставили человечество прибегнуть к крайним мерам защиты собственного вида.
Люди с ярко выраженными экстрасенсорными способностями, называемые псиониками, превратились в ключевое оружие против новой угрозы. Были созданы специальные отряды, разыскивающие таких людей и вербуюющие их в «OSF» — «Силы Подавления Иных» (Other Suppression Force), последний бастион человеческой расы.
В проекте Scarlet Nexus вы возьмёте на себя роль мальчишки по имени Юйто Сумераги, юного рекрута OSF, жаждущего стать элитным псиоником, как был тот, кто спас его в детстве от верной гибели. Вооружённый талантом психокинеза, он исследует футуристический город Нью-Химука и познаёт тайны Брейнпанкового будущего, где высокие технологии сталкиваются с экстрасенсорными способностями людей.